Uni vs Fachhochschule

Первое и самое главное отличие, которое впрочем осталось с самых давних времен - это бОльшая, чем у университетов, ориентированность на применение полученных знаний на практике и меньший уклон на научные исследования. Это не значит, что в ФХ совсем не уделяется внимание науке и теории. Нет! Просто ее ощутимо меньше. И, если вы хотите быть ученым и строить свою карьеру именно как ученый, то поступайте в университет.

Второе отличие. Которое на самом деле логично вытекает из первого...Частенько перед поступлением на 1 курс вы еще и должны пройти предпрактику (Vorpraktikum). То есть уже до начала обучения вы можете помесить фарш на колбасном заводе, например, получить какой-то опыт и с большим понимаем дела приступить к освоению профессии. Или, может быть, вообще понять, что фарш - это вообще не про вас история.
Плюс это 1-2 семестра обязательной практики во время учебы, которые могут немного удлинить эту самую учебу.

Третье - как правило, в ФХ более маленькие группы и на лекции вас сидит не сотня, а человек 20, например. В таких условиях получить ответ на свой вопрос гораздо выше :)

Вот в целом и все отличия.

Универсального ответа на этот вопрос нет!
Все зависит от вас самих, ваших желаний и планов на будущее и того, какой типа заведения больше под эти ваши планы и желания подходит.

Спросите у себя, чем конкретно вы хотите заниматься. Посмотрите, где предлагаются нужные вам программы. Почитайте учебные планы и выбирайте то, что больше вам подходит, а не по принципу "ФХ хуже университета, хочу только в университет, там престижнее..". Это неправильный принцип.