Первое и самое главное отличие, которое впрочем осталось с самых давних времен - это бОльшая, чем у университетов, ориентированность на применение полученных знаний на практике и меньший уклон на научные исследования. Это не значит, что в ФХ совсем не уделяется внимание науке и теории. Нет! Просто ее ощутимо меньше. И, если вы хотите быть ученым и строить свою карьеру именно как ученый, то поступайте в университет.
Второе отличие. Которое на самом деле логично вытекает из первого...Частенько перед поступлением на 1 курс вы еще и должны пройти предпрактику (Vorpraktikum). То есть уже до начала обучения вы можете помесить фарш на колбасном заводе, например, получить какой-то опыт и с большим понимаем дела приступить к освоению профессии. Или, может быть, вообще понять, что фарш - это вообще не про вас история.
Плюс это 1-2 семестра обязательной практики во время учебы, которые могут немного удлинить эту самую учебу.
Третье - как правило, в ФХ более маленькие группы и на лекции вас сидит не сотня, а человек 20, например. В таких условиях получить ответ на свой вопрос гораздо выше :)
Вот в целом и все отличия.